Parkinson ve şizofreni gibi hastalıklarla mücadelede tedaviyi kolaylaştıracak yeni bir adım atıldı. Bahçeşehir Üniversitesi (BAU) TIP Fakültesi Biyofizik Ana Bilim dalı Öğretim Üyesi Doç. Dr. Serdar Durdağı, Dopamin-2 reseptörünün üç boyutlu model yapısını açığa çıkarmayı başararak, yeni tedavi şekillerinin ve ilaçların geliştirilmesinin yolunu açtıklarını açıkladı.
BAU'den Doç Dr. Serdar Durdağı, parkinson hastalarına umut olacak bir çalışmaya imza attı.
Doç. Dr. Durdağı’nın yolu geçen yıl Dopamin-2 reseptörünü 1975 yılında keşfeden Toronto Üniversitesi’nden Prof. Dr. Philip Seeman ile kesişti. Birlikte geliştirdikleri model Amerika Kimya Derneği’ne ait yüksek prestijli dergi “ACS Chemical Neuroscience” tarafından kabul edildi.
TORONTO ÜNİVERSİTESİ İLE ORTAK ÇALIŞTILAR
Aslında her şey bir tesadüfle başladı. Bilgisayar destekli ilaç tasarımı üzerine çalışan Durdağı, Dopamin-2 reseptörünün 3 boyutlu (3D) yapısını Molecular Diversity dergisinde geçtiğimiz yıl yayınladı. Ardından Parkinson ve Şizofren hastaları için umut olan Dopamin-2 reseptörünü 1975 yılında keşfeden Toronto Üniversitesi’nden Prof. Dr. Philip Seeman, Durdağı ile iletişime geçerek kendisinin de bu yönde çalışmaları olduğunu ve birlikte çalışmak istediğini söyledi. Büyük bir onur ile bunu kabul eden Durdağı, üç yıldır üzerine çalıştığı modeli Prof. Seeman ile daha da geliştirdi.
Bilgisayar destekli yöntemlerle üç boyutlu yapısı açığa çıkarılan model ile Şizofren ve Parkinson gibi hastalıklarla mücadele de yeni bir döneme girildi. Durdağı; “Modeli çok beğendi, kendi değerleriyle örtüştüğünü söyledi. Bundan büyük bir onur duydum. Biz o zamana kadar Dopamin-2 reseptörünün sadece monomer formlarını geliştirmiştik. Hocayla birlikte dimer formlarını da geliştirdik. Ortak bir çalışmayla literatüre güzel bir yayın yapmış olduk.” açıklamasını yaptı.
“DOPAMİN’İN YAPISINI SİMÜLASYONLARLA AÇIĞA ÇIKARDIK”
Projeyi 2012 yılından itibaren devam ettirdiklerini ve 4-5 yıldır da yoğun bir şekilde üzerine çalıştıklarını söyleyen Durdağı, “Geçtiğimiz yıl bu modeli geliştirip yayınladık, yayınladıktan bir gün sonra Dopamin-2 reseptörünü keşfeden hoca Toronto Üniversitesi’nden Prof. Philip Seeman bana bir e-mail atarak modelimi istedi. Modelimi kendisiyle paylaştım modelin deneysel yapılarla çok uyumlu olduğunu söyledi. Kendi deneysel verilerinin bizim modelde uygulamak istediğini dile getirdi. Ben de memnuniyetle kabul ettim ve birlikte çalışmaya başladık.
Kendisinde dopamin ve apomorfin diye iki molekül olduğunu ve bağlanma afinitelerinin birbirinden farklı olduğunu söyledi. Modelimizde bu iki molekülü denedik ve deneysel sonuçlar ile örtüştüğünü gördük. Bu çalışmamızda Dopamin 2 reseptörünün 3 boyutlu yapısını deneysel veriler kullanılarak homoloji modellemesi ve dinamik simülasyonlar (benzetim) yardımıyla açığa çıkardık” şeklinde konuştu.
TEDAVİDEKİ BİR ENGEL ORTADAN KALKTI
“İlaç mekanizmasını açığa çıkardığımızda bu hem Parkinson hem de Şizofren gibi nörodejeneratif (Sinir sisteminde meydana gelen bozukluk) hastalıklar çok daha iyi anlaşılacak” diyen Durdağı, “Geliştirdiğimiz modelin, daha etkin ve yan etkileri azaltılmış moleküllerin açığa çıkarılmasında öncü rol oynayacak diye düşünüyoruz. Amacımız bu hedef yapıları kullanarak atomik düzeyde ilaç- reseptör (sinir ucu) etkileşimlerini incelemek ve moleküler mekanizmaların aydınlatılması sonucu yeni nesil yan etkileri azaltılmış moleküllerin geliştirilmesidir.
Çalışmamızın yeni tedavi şekillerinin, yeni ilaçların geliştirilebilmesi için öncü olabileceğine inanıyorum. Hastalıkların önlenmesinde bazı ilaçlar kullanılıyor. Şu anda bu ilaçların geliştirilmesi çok zor aşamalardan geçiyor. Bunun sebebi de özellikle çok önemli bir reseptör olan Dopaminin-2’nin kristal yapısının açıkta olmamasıydı. Dolayısıyla kristal yapısı olmayan molekülün tek bir yolu kalıyor bu da moleküler modelleme dediğimiz yöntemlerle 3 boyutlu yapısını açığa çıkarmak. İşte biz bunu başardık. Ne kadar fazla model geliştirilirse, ne kadar fazla kristal yapı açığa çıkarsa bu hastalılarla mücadelede o kadar faydalı oluyor” açıklamalarında bulundu.